2009年4月21日，国务院印发了《关于扶持和促进中医药事业发展的若干意见》（以下简称《若干意见》），明确了今后一段时期中医药发展的指导思想、基本原则、发展目标和重点任务。《若干意见》实施6年多以来，中医药事业发展规模不断扩大，2014年全国共有中医类医院（包括中医、中西医结合、民族医医院，下同）3732所，与“十一五”末相比，中医医院增加500所，增幅达15.5%；2014年中医医院总诊疗人次5.3亿人次，比“十一五”末增加1.7亿人次，增幅达47.2%；中医医院门诊次均费用、住院人均费用分别比综合性医院低12%和24%，中医药以较低的成本获得了较高收益，放大了医改惠民效果。“十二五”期间，中药工业总产值以每年20%以上速度递增，2014年超过7300亿元，占我国医药工业总值近三分之一。中医药在维护和增进人民群众健康、探索医改的“中国式解决办法”以及促进我国经济结构调整等方面做出了积极贡献。

随着我国新型工业化、信息化、城镇化、农业现代化深入发展，人口老龄化进程加快，人民群众对中医药服务的需求越来越旺盛，迫切需要继承好、发展好、利用好中医药，充分发挥中医药在深化医药卫生体制改革中的作用，造福人类健康，迫切需要将中医药上升为国家战略并融入国家发展大局，在国家层面对当前和今后一个时期内的中医药发展进行战略规划，做出全面部署。

2014年1月15日，国务院副总理刘延东在听取国家卫生计生委工作汇报时指出，“要抓紧研究中医药发展战略规划，研究提出促进中医药发展的相关政策措施”。2014年10月30日，刘延东副总理在与国医大师代表座谈时指出，中医药是我国独特的卫生资源、潜力巨大的经济资源、具有原创优势的科技资源、优秀的文化资源、重要的生态资源，挖掘利用好中医药资源，具有重大现实和长远意义，强调要贯彻落实党中央、国务院深化医药卫生体制改革精神，发挥中医药资源优势，全面推进中医药事业发展，为维护人民群众健康、促进经济社会发展、传承中华优秀传统文化、实现健康中国目标作贡献。

2015年11月，在中国中医科学院成立六十周年之际，习近平总书记专门发来贺信，李克强总理作出重要批示，刘延东副总理出席纪念大会并发表重要讲话。习近平总书记等中央领导的重要指示精神深刻指出了中医药在经济社会发展中的地位作用，充分肯定了近年来中医药事业发展取得的成绩，并对中医药振兴发展提出了殷切希望，要求广大中医药工作者增强民族自信，勇攀医学高峰，深入发掘中医药伟大宝库中的精华，充分发挥中医药的独特优势，推进中医药现代化，推动中医药走向世界，切实把中医药这一祖先留给我们的宝贵财富继承好、发展好、利用好，在建设健康中国、实现中国梦的伟大征程中谱写新的篇章。

按照国务院工作部署，国家中医药管理局成立规划纲要编制办公室和起草小组，以及中医药工作部际联席会议成员单位协作组，在前期开展战略研究的基础上着手编制中医药发展战略规划纲要。国家中医药管理局先后6次召开局党组会议、局长会议和局长办公会议，专题听取《规划纲要》研究和编制工作汇报，研究解决关键问题。在《规划纲要》编制过程中，国务院领导同志多次做出重要批示、指示。国务院办公厅给予了具体指导，中医药部际联席会议成员单位给予了大力支持。国家卫生计生委领导多次做出重要批示，并召开委主任会进行研究，解决编制过程中的重大问题。

《规划纲要》于2016年2月14日国务院第123次常务会议审议通过，2016年2月22日正式印发。