在校党委和分管校领导的直接领导下，发挥上级主管部门和附属医疗单位之间桥梁和纽带作用，强化学校党委对附属医疗单位的监管，执行《长春中医药大学附属医疗单位管理规定》，组织医院管理委员会行使《长春中医药大学医院管理委员会章程》的权利，对附属医疗单位的发展、医疗质量和医疗安全的提升实施指导、服务、协调、监督的管理职责。医院管理处下设2个科级机构：综合科、医政医管科。
1.综合科：负责处内的行政工作，发挥管理、协调的职能。强化落实学校党委对直属附属医疗单位“三重一大”重要事项的监管工作、落实学校直属附属医疗单位及省内各地区合作医疗单位建设、管理工作。
2.医政医管科：负责监管直属附属医疗单位的业务工作，发挥业务指导、服务的职能。依托《长春中医药大学医院管理委员会章程》，强化监督落实大学的附属医疗单位的功能和任务、定期对直属附属医疗单位的监督检查、配合直属附属医疗单位争取国家级和省级重大行业项目。